宏基因组测序(宏基因组测序是什么)

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本文目录一览：

• 1、宏基因组测序都能得到那些结果?可以用于什么研究?
• 2、粪便宏基因组测序保存条件
• 3、病原微生物宏基因组高通量测序阳性代表什么
• 4、宏基组测序有没有深度概念
• 5、谁知道宏基因组三代测序的优缺点?
• 6、宏基因组检测和全外显子检测有什么区别?

宏基因组测序都能得到那些结果?可以用于什么研究?

基因组测序在植物领域的应用有：基因组测序、转基因技术、分子标记辅助育种、单细胞测序技术等。基因组测序 基因组测序是一种通过测序技术获得一个完整的基因组序列表示的方法。

目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病检测，遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。基因检测不同于常规体检，可以诊断证明，也可以用于疾病风险预测。

而现在，新一代高通量低成本测序技术的广泛应用，科学家们可以对环境中的全基因组进行测序，在获得海量的数据后，全面地分析微生物群落结构以及基因功能组成等。

宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质。宏基因组研究分两个方向：扩增子测序和全基因组测序。

宏基因组学研究的对象是特定环境中的总DNA，不是某特定的微生物或其细胞中的总DNA，不需要对微生物进行分离培养和纯化，这对我们认识和利用95%以上的未培养微生物提供了一条新的途径。

宏基因组，是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，提取环境样本DNA后，采用二代测序技术，通过组装获得环境中所有微生物基因信息总和。用于研究样品中全部微生物群落的多样性及群落功能差异。

粪便宏基因组测序保存条件

粪便宏基因组测序保存条件无菌保存管。用无菌勺对新鲜的粪便进行挖取，将粪便样本放入无菌保存管中，样本需1g左右。采集好的样本立刻放入-80℃冰箱进行低温保存。

是否能用需要根据保存条件及送检项目判断，一般样本采集后储存于不含任何抗凝剂的无菌管或无菌可封闭的容器中并封口，并将样本管放置于一次性手套中系紧保存。

基因组草图是存在Gap 的，基因组完成图对整个基因组进行了Gap Closing，得到基因组完成图。

冷冻、乙醇、RNAlater三种保存条件中的微生物群落、宏基因组和宏转录组高度一致。不同保存方法对标本内的生物学信息影响不大。2）口腔微生物能进入肠道并存活下来的数量很少、转录活性也很低。

会。对于小鼠粪便的微生物测序研究，使用液氮保存样品是一种常见的做法。长期保存样品在液氮中会对微生物群落的结构和丰度产生影响。这是因为长时间的液氮保存导致微生物的失活、降解或选择性富集，从而导致菌群的变化。

病原微生物宏基因组高通量测序阳性代表什么

根据文献、专家报告宏基因组测序，宏基因组在中枢神经系统感染等相对成熟宏基因组测序的领域病原检出阳性率高达50%~60%。在血流感染中宏基因组测序，阳性率30%左右宏基因组测序，前者在重症感染中占比高达70%~80%。

从定义上看宏基因组测序，很明显，基因组一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而转录组则指的是RNA。

宏基因组学（Metagenomics）技术不依赖传统的微生物分离培养过程，以高质量的环境样品总DNA为研究材料，以DNA深度测序和功能基因筛选为研究手段，高通量识别复杂环境样品中微生物的结构组成及功能。

宏基组测序有没有深度概念

深度（Depth）：一般用1× 、2×、3×……表示。测序的得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，即基因组中每个碱基被测到的平均次数，简而言之，测序的数据量比上参考基因组或者转录组的值。

一般来说，测序深度越深越好，当然还需考虑一个成本的问题。测序产生的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。全基因组测序，一般测序深度为30X以上对检测基因组变异的可靠性会有很大帮助。

测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小，通常结果用n×来表示。

基因组测序的测序深度一般是10X。测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。

通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

谁知道宏基因组三代测序的优缺点?

缺点是测序成本高、通量低宏基因组测序，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。

优势：①第三代基因测序读长较长，可以减少拼接成本，节省内存和计算时间；②作用原理上避免了 PCR 扩增引入错误；③拓展应用：RNA宏基因组测序的序列，甲基化的DNA序列等。想要了解更多有关基因检测的相关信息，推荐咨询海普洛斯。

但是三代仍然不是完美的技术，其测序错误率相对于一代和二代还是高了很多，另外通量还是远低于二代测序，导致成本也是数倍于二代测序。

科研市场上三代测序最常见的莫过于PacBio，辅以冉冉上升的新星Nanopore等，主打长读长策略，直击二代测序碎片化序列的软肋，在基因组de novo上表现不俗，错误率较高，但可被矫正。

第二代测序技术 总的说来，第一代测序技术的主要特点是测序读长可达1000bp，准确性高达9999%，但其测序成本高，通量低等方面的缺点，严重影响了其真正大规模的应用。因而第一代测序技术并不是最理想的测序方法。

相对与第三代，都仍然需要扩增的方法放大信号，扩增后再检测。第三代测序：特点是单分子测序，多基于纳米科技，无需扩增，对单分链DNA/RNA直接用合成、降解、通过纳米孔等方式直接测序，核心特点是无需扩增所以成本更低。

宏基因组检测和全外显子检测有什么区别?

全外显子组测序，是指利用序列捕获技术将只占基因组1%的外显子进行高通量测序，从而检测出约85%的致病突变，测序深度更高，数据更有效，变异检测更准确。

每个性状最显著的检测到的变异可以解释平均22%的表型差异，且indel的影响比SNP更大。

相较于全基因组重测序，外显子组测序在同样的通量下数据覆盖度更深，准确性更高，更加简便、经济、高效，目前已广泛应用于孟德尔遗传疾病、复杂疾病，以及癌症的研究中。

不一样。CMA主要是检测相关基因是否重复或缺失WES主要是检测相关基因是否突变。

全部外显子，称为“外显子组”（exome），只占人类基因组的百分之一。测定外显子序列只需针对外显子区域的DNA即可，因此远比进行全基因组序列测序更简便、经济，已成为现阶段基因测序工作的重心。

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